Cơ cấu tổ chức của Viện gồm:
1. Ban Điều hành:
- Viện trưởng
- Phó Viện trưởng
- Kế toán trưởng
2. Các phòng chức năng:
– Phòng Tổng hợp;
– Phòng Bảo tồn Đa dạng sinh học;
– Phòng Lâm nghiệp và Biến đổi khí hậu;
– Phòng GIS, Viễn thám và ứng dụng công nghệ thông tin.
– Văn phòng đại diện và các chi nhánh (được mở khi có nhu cầu).
Trong quá trình hoạt động, cơ cấu tổ chức có thể thay đổi cho phù hợp với tình hình thực tế của Viện.